慈湖與雙鯉湖相連，原為一片內海，昔駐軍於南山及湖下間築一道長達550公尺的慈堤，形成金門最大的鹹水湖，且與海相通，隨著潮汐漲落，慈堤外海的潮間帶及慈湖周邊經常可見水鳥群聚，湖畔的木麻黃樹林也是冬候鳥鸕鶿度冬的主要棲息地，秋冬時鳥況極為豐富，是賞鳥的絕佳去處。
