后頭方姓的先祖係從同安護頭社遷入烈嶼定居，早期也取社名護頭，又因位在烈嶼島之北側，習以後面相稱，故漸以後頭取代。而麟護宮之名，蓋因村後有烈嶼主峰麒麟山，故取廟名謂有麟山護佑之意。麟護宮創建於清乾隆年間，廟內主奉的境主媽祖，是從羅厝的西湖古廟分爐而來，由於歲月侵移，復加風雨砲火交相傷殘，曾於民國六十八年重修一次，復於民國八十九年再次重建落成今貌。
