馬祖故事館位於馬祖日報社的社址中，為留存及見證馬祖成長的故事，馬祖日報社計畫性建立歷史資料儲藏庫，著手進行包括出版馬祖老照片故事專刊以及馬祖新聞故事選集、成立馬祖電子報、設立馬祖日報智庫以供各界閱覽下載使用等等；2005年，馬祖日報社向中央提出了興建報史館的構想，後來獲得文建會補助經費，將報史館的概念延伸成「馬祖故事館」，更加豐富了展場的內涵。故事館不僅陳列戰地政務時期馬祖的文物、照片，讓遊客得以步入歷史時空，體會戰地時期的馬祖生活情境，感受兩岸對峙下的前線氛圍，更運用現有典藏資料做完整呈現，周邊空間、場地充分利用，使內容豐富生動，提供觀光客不同的體驗價值。