本館以學校團體和家庭團體為目標觀眾，是一座兼具展示、教育、研究、蒐藏、休閒娛樂功能，以激發觀眾「親近海洋、認識海洋、善待海洋」，並使「海洋」得以永續發展為使命的博物館。　　海科館將藉著各項展覽、教育、研究和蒐藏活動，呈現與詮釋有關海洋科學與科技的發展及應用、台灣海洋文化的形成、海洋生態的演化、及人類與海洋的關係。　　同時強調基隆與八斗子地區的文化與環境特色，結合周邊區域(碧砂觀光漁港、八斗子漁港、漁村、濱海公園、海灣等)及相關單位(漁業署、水產試驗所、海洋大學、 台灣國際造船股份有限公司基隆廠、基隆市政府、基隆區漁會等)等在地特色，形成一處以「海洋」為主題的教育與休憩觀光廊帶，成為一個具有獨特風格的海洋教育與觀光休閒園區(簡稱海洋教育園區)。 　　海科館基地東、北側臨太平洋，緊鄰台2線，並有碧砂漁港、八斗子漁港、長潭里漁港、望海巷漁港分別位於基地之兩側，海科館設施可結合週邊的漁港空間，成為基隆地區最大的都會活動場所，吸引人潮匯集，有助於帶動整體基隆的發展，形成都會區重要的活動中心。　　此外，海科館基地位置也位於基隆地區、東北角海岸與九份、金瓜石風景及瑞芳平溪風景區帶的樞紐，海科館將藉由位於「大東北角風景帶」的核心樞紐位置，將園區景點、周邊觀光資源及海灣、水下遊憩等項目結合，創造出優質的海洋體驗，發揮本館海洋生態保育之特色，吸引人潮匯集，提昇地區整體經濟發展，有效整合及帶動「北台灣觀光休閒廊帶」的發展。